भागलपुर पूर्वी बिहार का सबसे बड़ा व पुराना शहर है. यहाँ कई बड़े बड़े अस्पताल हैं जहाँ कई प्रकार के रोगों का इलाज होता है। यहाँ कई ऐसे चिकित्सक हैं जो देश - विदेश के नामी मेडिकल कॉलेज से पढ़ कर आये हैं और अपना क्लिनिक खोल रखे हैं।
भागलपुर में सबसे बड़ा अस्पताल जवाहरलाल नेहरु मेडिकल कॉलेज व अस्पताल, भागलपुर (JLNMCH, Bhagalpur) है। इस अस्पताल की स्थापना कई दशक पूर्व सन 1971 में हुई थी. यह अस्पताल भागलपुर शहर के मायागंज इलाके में हैं। इसलिए इसे मायागंज अस्पताल भी कहते हैं। मायागंज में स्थित जवाहरलाल नेहरू मेडिकल कॉलेज और अस्पताल, बिहार राज्य के अग्रणी स्वास्थ्य देखभाल अस्पतालों में से एक है। जवाहरलाल नेहरू मेडिकल कॉलेज और अस्पताल एक सरकारी, पूर्ण विकसित मल्टी-स्पेशियलिटी अस्पताल है जिसमें 800 बेड हैं, जिनमें से 24 आईसीयू बेड और 24 बेड एनआईसीयू हैं। अस्पताल में विशेषज्ञ और प्रसिद्ध डॉक्टर, अत्याधुनिक चिकित्सा बुनियादी ढांचा है जिसमें पूरी तरह सुसज्जित प्रयोगशालाओं के साथ उन्नत सीटी स्कैन, अल्ट्रासाउंड, एक्स-रे और अन्य नैदानिक सेवाएं शामिल हैं। ये सभी मिलकर चौबीसों घंटे त्वरित और सटीक उपचार प्रदान करते हैं। यह अस्पताल बिहार सरकार के अधीन एक संस्था है. यहाँ पर मेडिकल कॉलेज भी है जिसमें MBBS की पढ़ाई भी होती है.
इसके अलावा भागलपुर शहर में सदर अस्पताल भागलपुर भी है जो घंटाघर के निकट अवस्थित है. ये भी काफी बड़ा अस्पताल है और कई रोगों का निदान यहाँ किया जाता है.
इसके अलावा भागलपुर में कई निजी अस्पताल है. जहाँ अलग अलग रोगों से पीड़ित रोगियों का उपचार होता है.